След две седмици без работа Чип Кели си намери нов отбор в НФЛ. Гуруто на атаката ще замени Джим Томсула начело на Сан Франциско. Кели спечели битката за поста с Майк Шанахан, но до голяма степен влиза в ролята на План Б, след като „найнърс” се провалиха в опита си да подпишат с Хю Джаксън и не успяха да убедят Шон Пейтън да напусне Ню Орлийнз.
„Като част от един от най-титулуваните отбори в историята на футбола осъзнавам високите очаквания към мен, но съм готов да се изправя пред предизвикателството. Първата ми цел е да събера възможно най-добрия щаб. Само така ще извлечем максимума от възможностите на всеки наш играч”, заяви Кели в прес съобщение.
Той е вторият в историята на Сан Франциско треньор, който е водил предишен отбор в НФЛ. Първият (Денис Ериксън) бе уволнен през 2004 г. след само един сезон на поста и показатели 2-14.
С назначаването на Кели Сан Франциско променя и структурата на управление. Том Гембъл застава като вицепрезидент по футболните въпроси в ролята на свързващо звено между Кели и генералния мениджър Трент Болки. Гембъл изпълняваше същата длъжност в периода 2011 – 2013, когато „найнърс” играха два финала в НФК и стигнаха Супербоул XLVII. По-късно той се премести във Филаделфия при болния си баща. Като част „орлите” помогна за окомплектоването на състава, спечелил под ръководството на Кели 20 мача в рамките на два сезона. Гембъл бе уволнен от Филаделфия през януари 2015 г. след неуспешен опит за преврат срещу изпълнителния вицепрезидент Хауи Роузмън.