Осем отбора продължават в турнира за Купата на България и през 2017-та година. На четвъртфинал в надпреварата се класираха седем тима от Първа лига, и третодивизионният Литекс. Жребият очакват отборите на Пирин, Лудогорец, Ботев Пловдив, Локомотив Пловдив, Черно море, Верея, Дунав и Литекс.
От БПФЛ обявиха дата и час за жребия само минути след края на последния осминафинал. Двойките за третия кръг ще се определят от 11:00 часа на 2 ноември 2016 г., сряда. Класиралите се от втория кръг на турнира осем отбора чрез пълен жребий ще определят четири двойки.
Според регламента победителите ще се излъчат по системата на отстраняване в една футболна среща, като домакин на футболната среща е отборът, изтеглен първи на жребия. Мачовете ще се играят на 4, 5 и 6 април 2017 г.